【Travelキャンセル保険】保険金額は保険の対象とする旅行の予約金額の総額ではなく、負担する見込みのキャンセル料の金額を設定できますか?

いいえ、できません。
保険金額は保険の対象とする旅行の予約金額の総額(税込)を設定してください。

例えば、キャンセル料が予約金額の50%が上限となる場合でも、予約金額の総額にて設定いただく必要があります。